新型冠状病毒EG.5变异株基因组特征分析

doi:10.12183/j.scjpm.2024.0977

华南预防医学 ›› 2024, Vol. 50 ›› Issue (10): 977-980.doi: 10.12183/j.scjpm.2024.0977

新型冠状病毒EG.5变异株基因组特征分析

文明新, 于良, 时晨, 王姝鑫, 张静, 罗永松

秦皇岛市疾病预防控制中心,河北秦皇岛 066001

收稿日期:2024-02-26 出版日期:2024-10-20 发布日期:2024-11-06
通讯作者: 罗永松,E-mail：luoyongsongwsw@163.com
作者简介:文明新（1991—）,男,硕士研究生,主管检验技师,主要研究方向：病毒基因组学和病原微生物检测
基金资助:
秦皇岛市科技支撑计划项目（202301A055）

Received:2024-02-26 Online:2024-10-20 Published:2024-11-06

摘要/Abstract

摘要： 目的了解新型冠状（简称新冠）病毒EG.5变异株基因组变异特征,实时监测秦皇岛市新冠病毒变异株流行趋势和变化特征。方法本研究收集了河北省秦皇岛市2023年5—8月本土新型冠状病毒感染患者鼻咽拭子样本20例,采用新型冠状病毒全基因组二代测序技术对样本进行新冠病毒全基因组测序及分析。结果经过Pangolin分型,20例均为EG.5变异株,其中5例为EG.5.1亚型,15例为EG.5.1.1亚型。在20例变异株中,发现了98个共享核苷酸突变位点,70个共享氨基酸变异位点。相较EG.5.1亚型,EG.5.1.1亚型具有3个特有的核苷酸变异,1个特有的氨基酸变异位。在20株EG.5变异株的S基因上,有40个共享氨基酸变异位点,其中包括Q52H、F456L、T478K、P681H、D614G等影响病毒传播和免疫逃逸能力的关键性共享变异位点。通过系统进化分析,20株EG.5变异株均属22F（Omicron）分支。结论新冠病毒在未来流行传播过程中依然会不断出现传播能力和免疫逃逸能力更强的新的变异株。有必要实时监测新冠病毒变异株的变异流行趋势,为疫情的防控提供了数据支持。

关键词: 新型冠状病毒, 全基因组测序, EG.5变异株, 刺突蛋白, 二代测序

中图分类号:

R115

文明新, 于良, 时晨, 王姝鑫, 张静, 罗永松. 新型冠状病毒EG.5变异株基因组特征分析[J]. 华南预防医学, 2024, 50(10): 977-980.

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